税務調査とは？法人が対象になる確率や流れ、指摘があった場合の対処法を解説

投稿日：2025.06.30 , 更新日：2025.06.30 , 監査

自社にいつ税務調査がくるのか、くることが分かった場合にどのような対策が必要なのか気になってしまう法人代表者や担当者の方もいるのではないでしょうか。法人税・消費税の税務調査は年間6万件くらい実施されているといわれており、どの法人にも税務調査が入る可能性はあります。

そこで本記事では、税務調査の概要や対象になる確率、実際の税務調査の流れ、税務調査に必要な書類、指摘があった場合の対処法などを解説します。

税務調査とは

税務調査とは、納税者が申告した内容が正しいかどうか、税務署や国税局が調査をすることです。

日本の法人税や所得税は納税者が自ら申告した内容にもとづく申告制度をとっています。納税者全員が正しく申告しているとは限らず、なかには不正に税金を安くするように申告している法人や個人がいる可能性もあります。

申告内容の間違いを確認して、正確に税金を徴収するのが税務調査の目的です。

税務調査では売上や所得、経費などの内容のほか、計上漏れや計上の時期なども細かくチェックされます。特定の疑惑や大規模の不正が疑われる場合、より詳細に調査される可能性もあります。

税務調査には「任意調査」と「強制調査」がある

税務調査には、大きくわけて以下の2種類があります。

任意調査は納税者の協力によって行われる一般的な税務調査を指します。税務調査の調査官が納税者の事業所を訪問し、納税額が適正であったかの確認をおこないます。

任意調査では事前に通知が届くのが一般的です。不明点があれば税理士に相談し、必要な書類を準備するなどの対策を打つことができます。

ただ、「任意」ではあるものの、調査を拒否することはできません。納税者が調査を拒否すると、罰則の対象になる可能性があります。調査官からの質問に黙秘したり、虚偽の回答をしたりすることも厳禁です。

一方の強制調査は、脱税の疑いがある法人や個人を対象にした税務調査です。裁判所の令状にもとづいておこなわれるため、納税者の同意がなくても実行できます。

また、裁判所の令状によって強制的に立ち入り調査をおこなう権限が与えられているため、調査を拒否することはできません。

強制調査をして脱税が発覚すると追徴課税や罰金が科されるだけでなく、刑事罰に問われる可能性もあります。

法人が税務調査の対象になる確率

法人が税務調査の対象として選ばれる確率は、国税庁の調査資料から推測することができます。

2024年11月に公表された「令和5事務年度 法人税等の調査事績の概要」によると、2023年（令和5年）に法人税・消費税について実地調査が行われた件数は5万9,000件でした。

一方、令和5年度における法人税の申告件数は318万件でした。

税務調査を受けた法人の比率は「約1.86％」です。

ただし、法人の場合は稼働していない休眠法人が分母に含まれるため、実際にはもっと高く確率で税務調査が行われると考えたほうが良いでしょう。

また、事業の規模が大きいなど税務調査の対象になりやすい特徴があると、対象になる確率がさらに上がることも考えられます。

参照：国税庁「令和5事務年度 法人税等の調査事績の概要」

参照：国税庁「令和5事務年度 法人税等の申告（課税）事績の概要」

法人の税務調査の流れ

法人の税務調査は、以下の流れで進むのが一般的です。

ここでは、税務調査の流れについて詳細を解説します。

事前通知

現地調査が実施される10日前くらいに会社および会社の顧問税理士宛てに電話連絡が入ります。

通知の内容は「調査日時」「対象税目」「課税期間」「調査の目的」などですが、日程で不都合がある場合はこのタイミングで調整しましょう。

ただし、強制調査の場合には事前通知なしで強制的に調査が始まる可能性もあります。

事前準備

税務申告の通知を受け取った場合、調査に対応できるように顧問税理士と連携しながら準備を進めましょう。

事前準備が必要な書類は多岐にわたるため、顧問税理士に確認を取りながら慎重に準備しましょう。資料が揃っても安心せず、間違いや不備がないかを顧問税理士と確認する打ち合わせの時間を持つことが重要です。

また、誤りでなくても税務署と税理士で見解が異なる部分がないかも、事前に確認しておくと良いでしょう。

調査1日目

事前に擦り合わせた日程を迎えると、税務調査の担当者が会社に訪れて調査が行われます。調査の期間は2日間にわけておこなわれることが一般的です。

1日目の午前中は調査官によるインタビューや世間話から始まり、書類のチェックが実施されます。世間話を通じて不正を調査しているため留意が必要です。

午後からは売上に関する調査が行われることが一般的です。売上請求書や売上台帳、納品書などをもとに、計上漏れや架空仕入などの不正がないかをチェックされます。

調査2日目

2日目は引き続き、帳簿関係の調査が行われます。

午前中は給与や賞与が適正に処理されているか、午後からは経費が正しく処理されているか、何らかの問題がないかを調査されます。

調査で不明点や不足する内容があった場合、追加資料の提出を求められることもあるでしょう。

申告内容に問題がないと判断されれば申告是認の通知を受け取り、税務調査は終了です。

税務調査に必要な書類

税務調査で必要な書類は多岐にわたりますが、一例を挙げると以下のような書類が必要です。

これらの書類にヌケや漏れがないように、顧問税理士と確認しながら準備を進めましょう。

事前に税務署から連絡があった際に「何年分が必要か」が分かるので、定められた年数を忘れずに揃えましょう。

法人が税務調査を防ぐための対策

税務調査は企業側が「来ないでほしい」と願っても来ることがありますが、税務調査の対象に選ばれる可能性が少しでも下がるように事前に対策することもできます。

まず毎年の申告内容に不備がないようにすることが第一です。

また、入金の仕訳処理や売上、請求書の内容に誤りはないか、日々の業務を丁寧に行うことも重要になるでしょう。

申告書には、可能な限り細かな部分まで記載しておくことをおすすめします。申告書の異常計数の理由などを記載しておくことで、税務調査の対象に選ばれにくくなる可能性もあります。

税務調査で法人に指摘があった場合の対処法

税務調査が行われると、その結果次第では「修正申告」の手続きが必要になることがあります。

修正申告では不足している税額の差額に加えて、追徴課税を納付する必要があります。

反対に、税務調査をした結果「税金を納め過ぎている」と判断されることもあるでしょう。その場合は「更正の請求」を行い、内容が認められれば税金が還付されます。

税務調査の内容に納得できない場合は不服申立て、再調査請求が可能です。

まとめ

税務調査はどの法人でも対象になる可能性があります。確率は単純計算なら2％程度ですが、実際にはもっと高い確率で対象に選ばれることも考えられます。

税務調査の対象に選ばれたときにすぐに対応できるよう、日頃から顧問税理士と対策や対応策について協議を重ねておきましょう。

監修者

甲田拓也 (公認会計士税理士甲田拓也事務所 代表) 早稲田大学卒業後、PwCグローバルファームや個人会計事務所を経て現事務所を設立。節税、資金繰り、IPO・マーケ支援を行うプロ会計士として活動。YouTubeでも情報発信中！

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